Análisis de las aguas residuales y del agua para procesos

Descripción general de los métodos de NGS

La metodología y los reactivos para NGS están en constante evolución, sin embargo, los investigadores disponen ahora de numerosos sistemas de NGS. Las plataformas de uso habitual incorporan la utilización de varias etapas cruciales en el procedimiento de NGS, como la preparación de muestras o colecciones, la generación de agrupaciones, la secuenciación y el análisis de datos. La preparación de la muestra suele implicar la amplificación del ADN o la agregación de enlazadores o adaptadores de secuencia. La generación de un clúster de cada secuencia de ADN tiene lugar cuando el ADN que contiene el enlazador covalentemente unido hibrida a una superficie sólida para la amplificación de la PCR en puente o mediante métodos alternativos como la PCR en emulsión. Además, existen muchos métodos de secuenciación del ADN, entre ellos la secuenciación por ligadura, la secuenciación por síntesis, la pirosecuenciación y la secuenciación por ion Torrent. Cada método de secuenciación implica diferentes etapas de reacción y compuestos químicos que, en última instancia, determinan la longitud de cada secuencia (longitud de lectura), la tasa de error y el coste del reactivo.

Enfoques analíticos para los análisis de datos de la NGS

Un elemento final para todos los procedimientos de NGS es el paso crítico de análisis de los datos que se produce después de la secuenciación. Si bien cada plataforma y secuencia de trabajo de NGS produce una enorme cantidad de información digital capturada en los ordenadores, los bioinformáticos deben analizar el conjunto de datos sin procesar utilizando un número cada vez mayor de herramientas analíticas para el alineamiento y la cartografía de lectura, como Bowtie, Galaxy y muchas otras. Muchos de los avances en el campo de las tecnologías de NGS han surgido de la fusión de numerosos ámbitos científicos para desarrollar y optimizar el análisis y la interpretación de estos grandes conjuntos de datos. Dependiendo de las necesidades de aplicación específicas, los investigadores pueden ahora utilizar estas potentes herramientas para secuenciar genomas enteros, exomas o transcriptomas para investigación fundamental y de enfermedades.